Фамилия Гутникова — женская форма от фамилии Гутников, а та, в свою очередь, образована от прозвища Гутник. В основе лежит слово «гута», заимствованное из немецкого (Hütte — «хижина, завод»). В русских говорах гутой называли стекольный завод или мастерскую по варке стекла. Соответственно, Гутник — это либо работник такого завода, либо его владелец.

У слова «гута» есть и другое, более редкое значение — затвердевший сок некоторых растений, из которого делали гуттаперчу. Поэтому не исключено, что прозвище Гутник мог получить человек, добывавший это вещество. Однако первая версия — связь со стекольным производством — выглядит правдоподобнее: гуты были распространены в России, особенно в западных и центральных губерниях, и оставили заметный след в фамилиях (Гутов, Гутин, Гутников).

Суффикс -ник указывает на принадлежность к профессии или роду занятий, что типично для русских прозвищ (ср. Скорняк, Рыбник). Фамилия Гутникова, таким образом, закрепилась за потомками человека, которого в округе знали как Гутника — мастера или рабочего стекольного дела.