Фамилия Гутовский образована по типичной для восточных славян модели с суффиксом -овск-/-евск-, указывающим на принадлежность к местности или роду. Наиболее правдоподобная версия связывает её происхождение с прозвищем Гут, которое восходит к немецкому слову Hütte — «стеклянный завод». В таком случае предок носителя фамилии был работником стекольного производства. Названия вроде Гута нередко давали поселениям, где стояли такие заводы, и человек, переселившийся оттуда, получал прозвище по месту прежнего жительства.

Известна, например, деревня Гута в Брестской области Беларуси. Выходец из неё мог стать Гутовским — то есть «тем, кто из Гуты». Однако слово «гута» имело и другое значение: так называли затвердевший сок из корней некоторых растений, из которого делали гуттаперчу. Поэтому не исключено, что прозвище Гут дали человеку, занятому добычей этого вещества. Какая из версий верна для конкретной семьи, без генеалогических изысканий не установить, но обе указывают на ремесленный или производственный фон фамилии.

Суффикс -овский в фамилии Гутовский характерен для польской и западнорусской традиции, что подтверждает её вероятное происхождение с территории современной Беларуси или Украины. В документах фамилия встречается с XVII века, преимущественно среди шляхты и мещан. Позже прозвище Гут, изначально присоединённое к наследственному имени, полностью заменило его как в повседневной жизни, так и в официальных документах.