Фамилия Искендеров происходит от восточного варианта древнегреческого имени Александр — Искендер (Искандер). В переводе с греческого оно означает «одерживающий победу», «победитель». В русскую культуру фамилия попала через тюркские народы, где имя Искандер широко распространено благодаря легендам об Александре Македонском, которого на Востоке называли Искандером Зулькарнайном (Двурогим).

Словообразовательная модель фамилии типична для русских фамилий тюркского происхождения: к основе Искендер- добавляется русский патронимический суффикс -ов, указывающий на принадлежность («сын Искендера»). Такая модель закрепилась в XVI–XIX веках, когда представители тюркских народов, принимавшие православие или поступавшие на русскую службу, получали фамилии по имени отца с русским окончанием.

Интересная деталь: в отличие от более частого написания через «а» (Искандеров), форма Искендеров с буквой «е» во втором слоге отражает конкретный диалектный или региональный вариант произношения. В азербайджанском и некоторых тюркских языках имя звучит именно как Искендер, тогда как в татарском и башкирском чаще встречается Искандер. Таким образом, фамилия Искендеров может указывать на азербайджанские или дагестанские корни предков.

Фамилия не относится к числу древних русских дворянских родов — её носители в основном выходцы из крестьянских и мещанских сословий, а также из служилых татар и горских народов Кавказа. Встречается она преимущественно в регионах с тюркским населением: в Азербайджане, Дагестане, Татарстане, а также в южных областях России.