Фамилия Истранкин — редкий образец русской фамилии, образованной не от полного церковного имени, а от его обиходной, сокращённой формы. В основе лежит имя Истранок, которое, скорее всего, возникло как производное от греческого имени Евстрат (Евстратий), означающего «добрый воин». Покровитель этого имени — святой мученик Евстратий, градоначальник, объявивший себя христианином в III веке и принявший за это мучительную смерть. Усечение первого слога (Ев- → И-) — обычное явление в русской народной традиции: так из Евстрата и получился Истранок.

Менее вероятна, но возможна версия происхождения от имени Каллистрат («воинская краса»), которое также могло сократиться до формы Истранок. Оба варианта указывают на то, что предок носителя фамилии был человеком простого звания: в крестьянской или мещанской среде редко пользовались полными именами, предпочитая их бытовые варианты.

Суффикс -ин в фамилии Истранкин указывает на принадлежность: «чей?» — сын Истранка. Такая модель типична для северных и центральных областей России. Географически фамилия редкая, её очаги, по данным современных справочников, тяготеют к Поволжью и Уралу — регионам, куда в XVII–XVIII веках переселялись крестьяне из центральных губерний.

Существует и третья, более спорная гипотеза, выводящая фамилию от гидронима Истр — древнегреческого названия нижнего течения Дуная. Сторонники этой версии предполагают, что предок Истранкиных мог жить на берегах этой реки. Однако такая этимология выглядит натянутой: фамилии от названий крупных рек в русской ономастике обычно оформляются суффиксами -ский или -ов (Дунаев, Днепров), а не -ин, и почти не встречаются в форме притяжательного прилагательного от уменьшительного имени. Поэтому версия с Дунаем — скорее красивое предположение, чем обоснованный вывод.

Таким образом, наиболее убедительное объяснение фамилии Истранкин — это «сын Истранка», то есть потомок человека, которого в быту звали сокращённым вариантом имени Евстрат или Каллистрат. Потомок человека, обладающего именем Истранок, со временем и получил фамилию Истранкин.