Фамилия Истранкины, как и многие русские фамилии, хранит в себе несколько возможных историй происхождения. Самая вероятная версия связывает её с церковным именем Евстратий (в просторечии Евстрат), которое в переводе с греческого означает «добрый воин». От полного имени образовалась обиходная, «домашняя» форма — Истранок. Суффикс -ок в таких именах указывал на ласкательное или уменьшительное обращение, а затем закрепился в основе фамилии. Покровителем этого имени считается святой мученик Евстратий, градоначальник, пострадавший за веру в III веке.

Словообразовательная модель здесь проста: фамилия Истранкины — это форма множественного числа (или родительного падежа единственного) от Истранкин, которая, в свою очередь, образована от прозвища или имени Истранок с помощью притяжательного суффикса -ин. Такой тип фамилий (на -ин) характерен для северных и центральных областей России и указывает на принадлежность роду человека по имени Истранок.

Есть и менее очевидная, но возможная версия: основой могла стать другая производная форма — от имени Каллистрат («воинская краса»). В народном произношении сложные греческие имена часто упрощались, и Каллистрат мог превратиться в ту же форму Истранок.

Третья гипотеза выводит фамилию не из имени, а из географического названия. Истр (Ístros) — так древние греки называли нижнее течение Дуная. Если эта версия верна, то прозвище Истранок мог получить человек, живший на берегах этой реки или пришедший оттуда. Такие «географические» прозвища были распространены, но в случае с Истранкиными эта версия менее убедительна, чем «именная», поскольку на русской почве фамилии от названий рек обычно оформляются иначе (например, Дунаев, Донской).

Фамилия Истранкины — редкая. Она почти не встречается в массовых базах данных и не имеет широко известных исторических носителей. Это говорит о том, что род мог быть немногочисленным или локальным, сосредоточенным в одной местности. О точном времени возникновения говорить сложно, но процесс закрепления таких фамилий в крестьянской и мещанской среде в основном завершился к XIX веку.