Фамилия Истратина — женская форма, мужской вариант — Истратин. В основе лежит имя или прозвище Истрат, которое является народной формой канонического имени Евстратий. В русской разговорной традиции начальное «ев-» нередко отпадало, и Евстратий превращался в Острата или Истрата. Само имя Евстратий (греч. «хороший воин») в церковном обиходе было известно, но в крестьянской и мещанской среде его просторечные варианты встречались чаще, чем полная форма.

Суффикс «-ин» указывает на принадлежность: Истратин — «сын Истрата» или «человек из семьи Истрата». Модель типична для фамилий, образованных от имён, оканчивающихся на «-а» или «-я». В данном случае основа Истрат- плюс патронимический суффикс «-ин» дают фамилию, которая закрепилась в документах, скорее всего, в XVII–XVIII веках, когда шло массовое оформление фамилий у податных сословий.

Географически фамилия Истратин (и Истратина) редкая. Встречается преимущественно в центральных областях России, а также на юге — в Ростовской и Волгоградской областях. Это позволяет предположить, что предки носителей фамилии были выходцами из тех мест, где имя Истрат бытовало как вполне обычное. В отличие от фамилий на «-ов», которые образуются от имён на согласный (Иван → Иванов), «-ин» — маркер более личного, семейного именования, и такие фамилии чаще встречались у крестьян, а не у дворян.

Любопытная деталь: в некоторых говорах имя Истрат могли путать с прозвищем Истрат, образованным от глагола «истратить» — то есть расточительный, небережливый человек. Однако это вторичная, народно-этимологическая версия. Основной и надёжный источник — церковное имя Евстратий в его усечённой форме.