Фамилия Истраткина — женская форма фамилии Истраткин, и её разумнее рассматривать в мужском варианте, чтобы понять корень. Основа здесь — «Истрат», и это не географическое название (река Истра тут ни при чём), а сокращённая форма личного имени Евстрат. В русской народной традиции полное церковное имя Евстратий (от греческого «добрый воин») не прижилось, зато его сокращения — Евстрат, а затем и просто Страт или Истрат — встречались в документах XVII–XVIII веков. Так из канонического имени возникло прозвище или обиходное имя, которое и стало фамилией.

Суффикс «-кин» указывает на принадлежность: Истраткин буквально означает «сын Истратки». Форма «Истратка» — это ласкательный или уменьшительный вариант от Истрат, с типичным для русских говоров окончанием «-ка». Такая модель образования (имя → уменьшительная форма → фамилия с суффиксом -ин/-кин) очень продуктивна для фамилий, возникших в среде крестьян и посадских людей. То есть предок носителя фамилии, скорее всего, звался Истраткой — неофициально, по-домашнему, а его дети пошли уже как Истраткины.

Есть и альтернативная, менее вероятная версия: связь с глаголом «истратить» (потратить). Прозвище Истрата могли дать человеку нерасчётливому или, наоборот, тому, кто ведал расходами в общине. Но для фамилий на «-кин» основа обычно личная, а не глагольная, и имя Евстрат даёт более естественное объяснение. К тому же, в ономастических справочниках фамилии типа Евстраткин, Страткин и Истраткин рассматриваются как однокоренные варианты одного и того же имени.

Фамилия редкая, её географическое распространение невелико. Встречается в основном в центральных регионах России, особенно в бывших Рязанской, Тамбовской и Владимирской губерниях — там, где имя Евстрат было в ходу среди крестьян. В XIX веке носители фамилии числились преимущественно в мещанском и крестьянском сословиях, без дворянских корней. Таким образом, Истраткина — это фамилия-отчество, которая связывает современного человека с далёким предком по имени Евстрат, в просторечии — Истратка.