Фамилия Ивонеко — один из тех редких случаев, когда написание говорит о происхождении больше, чем звучание. Если бы фамилия оканчивалась на «-енко», вопросов бы не было: типичная украинская или белорусская модель. Но окончание «-еко» встречается реже и чаще всего указывает на белорусское или западноукраинское происхождение, где в говорах «е» могло заменять «я» или «и». Впрочем, не исключён и польский след — фамилии с суффиксом «-eko» (от «-ek») известны в Подляшье и на Гродненщине.

Основа фамилии — каноническое имя Иван. Но не напрямую. Перед нами не «Иваненко», а «Ивонеко» — с корнем «Ивон-». Это уменьшительная или производная форма от Иван, распространённая в юго-западных русских землях и у соседних славянских народов. Имя Ивон (или Ивоня) — аналог русского Ваня, но с другим суффиксом. В польском языке есть форма Iwon, что тоже восходит к Ивану. Таким образом, Ивонеко — это «сын Ивона» или просто «маленький Ивон».

С географией фамилии сложно: она нечастотна и не привязана к одному крупному региону. В современных базах данных носители фамилии Ивонеко встречаются в основном на западе Украины и в приграничных районах Беларуси. Возможно, предки носителя фамилии были крестьянами или мещанами — фамилии на «-енко/-еко» в этих краях не были привилегией шляхты, а закреплялись за простыми людьми в XVII–XVIII веках.

Есть и менее вероятная версия, которую стоит упомянуть только ради полноты: фамилия могла возникнуть от прозвища Ивоня — человека, который занимался ивой, лозоплетением. Но в таком случае корень был бы «ив-», а не «ивон-», и суффикс «-еко» присоединился бы напрямую к основе «Ива». Правдоподобнее всё же версия с личным именем: Ивонеко — это «Иванов сын» в нестандартном местном произношении.