Фамилия Ивонова — яркий пример того, как редкая форма суффикса может рассказать о происхождении больше, чем сама основа. В отличие от массовых Иванов и Ивин, здесь мы видим суффикс -онов, а точнее — его вариант -ов, присоединённый к основе Ивон-. Такая модель встречается реже, чем стандартное -ов, и часто указывает на то, что фамилия закрепилась в форме, близкой к разговорному или диалектному произношению имени.

В основе лежит крестильное имя Иван (от древнееврейского Иоанн — «милость Божья»), но не напрямую, а через его уменьшительно-ласкательную или просторечную форму. В русских говорах имя Иван могло звучать как Ивон — с утратой начального гласного и редукцией. Отсюда и пошло прозвище или неофициальное имя Ивон, а от него — фамилия Ивонов, женский вариант которой — Ивонова. Такой переход (Иван → Ивон → Ивонов) типичен для северных и сибирских говоров, где имя часто «обрубали» до корня.

С точки зрения словообразования, фамилия Ивонова стоит в одном ряду с такими же редкими формами, как Ивонин, Ивонькин или Ивонтьев. Но если Ивонин образован с помощью суффикса -ин (указывающего на принадлежность «чей?»), то Ивонова использует суффикс -ов, который в русской ономастике считается более «фамильным» и массовым. Однако в данном случае массовости не получилось: фамилия Ивонова встречается значительно реже, чем Иванова, и сосредоточена в основном в небольших населённых пунктах Вологодской, Архангельской областей и в некоторых районах Урала.

Интересно, что основа Ивон- могла быть и прозвищной, а не только именной. В диалектах слово «ивон» иногда означало «плакса» или «нытик» (от глагола «ивонить» — выть, плакать). В этом случае фамилия Ивонова могла закрепиться за потомками человека с таким прозвищем. Но эта версия менее вероятна: в крестьянской среде, где фамилии часто образовывали от имён, именной путь (через Ивана) остаётся основным.

В дореволюционных записях фамилия почти не фиксируется в дворянских родословных — это чисто крестьянская или мещанская фамилия. Её носители, скорее всего, были государственными или помещичьими крестьянами, а сама фамилия закрепилась в XVIII–XIX веках, когда начался массовый учёт населения. Написание с одним «н» (Ивонова, а не Ивоннова) подтверждает, что основа не была усечена от полного имени, а сохранила разговорный вариант.