Фамилия Ивонины — это вариант фамилии Ивонин, то есть её множественная форма, указывающая на семейный род. В основе фамилии лежит имя Ивона — народная, обиходная форма церковного имени Иона. Это имя имеет древнееврейские корни и переводится как «голубь». Иногда встречается и более редкое толкование — «терпеливый», но «голубь» считается основным значением.

Словообразовательная модель здесь простая и типичная для русских фамилий: суффикс -ин указывает на принадлежность («чей?»). Ивонин — значит «сын Ивоны» или «потомок Ивоны». Такая модель была особенно распространена на севере и в центральных областях России, где фамилии на -ин и -ов закрепились раньше, чем на других территориях.

Интересно, что имя Иона, от которого пошла Ивона, — это имя библейского пророка, которого, согласно Ветхому Завету, проглотил кит. Однако в народной среде имя редко ассоциировалось с библейским сюжетом: его просто сокращали и переделывали на свой лад, отсюда и возникли формы вроде Ивона, Ивоня.

Географически фамилия Ивонины встречается в нескольких регионах, но чаще всего — в бывших вотчинах Новгородской земли и в Вятском крае. В этих местах имя Иона было особенно популярно среди крестьян и посадских людей, что и породило множество однокоренных фамилий: Ивонин, Ивонькин, Ивоничев.

Несмотря на кажущуюся простоту, у фамилии есть и альтернативная версия происхождения. Некоторые исследователи допускают, что в редких случаях основой могло стать не имя, а прозвище Ивона, связанное с диалектным словом «ива» — то есть человек, живущий у ивняка или имеющий отношение к этому дереву. Однако эта версия менее убедительна: суффикс -ин в русских фамилиях почти всегда указывает на отчество, а не на прозвище по месту жительства.

Точное время возникновения фамилии установить сложно: процесс формирования русских фамилий растянулся на несколько столетий, с XV по XVIII век. Можно лишь предположить, что фамилия Ивонины окончательно закрепилась к концу XVII века, когда большинство крестьянских семей получили наследственные именования.