Фамилия Ивонина образована от имени Ивона — производной формы крестильного мужского имени Иона. В переводе с древнееврейского это имя означает «голубь» или «терпеливый». Таким образом, в основе фамилии лежит не прозвище, а личное имя предка, которого в быту называли Ивона. Со временем его потомки закрепили за собой фамилию Ивонина.

Модель образования здесь классическая: суффикс -ин указывает на принадлежность. В русской традиции фамилии на -ин обычно формировались от основ, оканчивающихся на -а или -я. Ивона дала Ивонин — «чей?» — «сын Ивоны». Женское окончание -а в фамилии Ивонина — это грамматическая форма, типичная для фамилий жён и детей в старой русской документации (например, «вдова Ивонина» или «дочь Ивонина»), которая со временем закрепилась как неизменяемая фамилия.

Интересно, что имя Иона в народной среде давало множество производных форм: Ивоня, Ивона, Ивонка. Поэтому фамилия Ивонина не единственная в этом ряду. Родственными по корню можно считать фамилии Ивонин, Ивонкин, Ивоничев, Ивонькин. Все они восходят к одному источнику, но различаются суффиксами, которые указывали на степень родства или вариант произношения имени в конкретной местности.

Географически фамилия Ивонина чаще встречается в центральных и северных областях России, где патронимические фамилии на -ин особенно распространены. В южных и западных регионах ту же основу могли оформить суффиксом -енко (Ивоненко) или -ук (Ивончук). Так что по фамилии можно примерно определить, откуда родом предки: Ивонина — скорее всего, из северной или центральной части Руси.

Никаких спорных версий происхождения у этой фамилии нет. Корень прозрачный, суффикс типичный, имя-основа хорошо известно по святцам. Можно лишь добавить, что имя Иона в древности было нередким среди духовенства, но в крестьянской и купеческой среде тоже встречалось. Поэтому утверждать, что все Ивонины происходят из какой-то одной социальной группы, нельзя.