Фамилия Ивонинская прошла путь, типичный для многих восточнославянских родовых имен: от личного имени через отчество к фамилии с изменением суффикса при смене территории. В основе лежит имя Ивона — уменьшительная форма канонического мужского имени Иона. Иона в переводе с древнееврейского означает «голубь»; на Руси это имя ассоциировали не только с библейским пророком, но и с терпеливым, кротким нравом. От имени Ивона сначала образовали фамилию Ивонин (по модели «чей?» — сын Ивоны), а уже от нее — Ивонинская.

Ключевой элемент — суффикс -ский. В отличие от простых патронимических фамилий на -ов/-ев и -ин, которые указывали на прямого отца, фамилии на -ский на восточнославянских землях часто приобретали при переселении рода. Человек из другой местности, отвечая на вопрос «откуда?», мог назвать себя по прежнему роду: Ивонинский, то есть «из семьи/рода Ивониных». Вероятно, предки носителей фамилии переехали из центральной России на территории современной Украины или Белоруссии, где модель на -ский была особенно продуктивна и часто заменяла более простые окончания.

Ивонинская — фамилия не массовая, но географически привязанная. Большинство её носителей встречается на западе Украины, в частности в Ровенской области, а также на юге Белоруссии. Эта локализация подтверждает версию о миграции рода: первичная форма Ивонин осталась в северных и центральных областях России, а вариант Ивонинская закрепился там, где суффикс -ский стал маркером принадлежности к определённому роду. Сравните с однокоренными фамилиями: Ивонин, Ивоничев, Ивонькин — все они восходят к одному корню, но различаются суффиксальным оформлением в зависимости от региона и времени образования.