Фамилия Кабаргина — женская форма фамилии Кабаргин. В основе лежит прозвище Кабарга. Кабаргой называют безрогое сибирское животное из семейства оленей, похожее на козочку. Прозвища из мира животных в русской традиции давали по-разному. В одних случаях родители желали, чтобы природа воспринимала ребёнка как своего, и надеялись, что к нему перейдут качества зверя — ловкость, выносливость, осторожность. В других — прозвище закреплялось за взрослым человеком по роду занятий: Кабаргой могли называть охотника на кабаргу или скотовода, который разводил этих животных.

Есть и менее очевидная версия. Слово «кабарга» встречается в топонимике. В Белгородской области есть гора Кабарга (другое название — Хабурла-Даг) — горбатая лесистая возвышенность с крутыми южными склонами. Если предок носителя фамилии жил у подножия этой горы или на её склоне, прозвище Кабарга могло быть связано не с животным, а с местом жительства. В таком случае основатель рода Кабаргиных получил имя по географическому объекту.

Фамилия образована по стандартной русской модели с суффиксом -ин, который указывает на принадлежность: «чей?» — Кабаргин, то есть сын или потомок Кабарги. Такая модель типична для прозвищ, оканчивающихся на -а.