Фамилия Каченя звучит по-украински, и это первая зацепка. Её основа — слово «кача» или «качка», что в украинском и южнорусских говорах означает «утка». Перед нами прозвище, данное человеку за внешнее сходство с этой птицей: возможно, за характерную походку вразвалку, длинную шею или манеру вытягивать губы. В некоторых регионах «качей» называли также качалку для белья, но в основе фамилии скорее птица, чем предмет домашнего обихода.

Суффикс «-еня» указывает на уменьшительно-ласкательную или пренебрежительную форму: Каченя — это буквально «утёнок». Такая модель типична для украинских фамилий, образованных от прозвищ (ср. Лисеня, Вовченя). В белорусском языке тоже встречается похожий суффикс, но с иной огласовкой. Таким образом, фамилия фиксирует не просто сходство с уткой, а именно «утёнка» — возможно, младшего члена семьи или человека с мягким, безобидным нравом.

Встречается фамилия преимущественно на Украине, особенно в центральных и восточных областях. В России она редка и обычно указывает на украинские корни предков. При переезде в русскоязычную среду написание иногда менялось на «Каченя» или «Качня», но чаще сохраняло исходную форму.

Словообразовательно фамилия стоит в ряду однокоренных: Качур, Качура, Каченовский. Все они восходят к той же «утке», но различаются суффиксами. Каченя — самая «детская» форма, что делает её неформальной и домашней по звучанию. Скорее всего, прозвище закрепилось за человеком в быту, а уже потом перешло в официальную фамилию. Никаких сведений о дворянском происхождении или принадлежности к известным родам нет — это крестьянская или казацкая фамилия, возникшая естественным путём.