Фамилия Кафанов неоднозначна по происхождению, и у неё есть как минимум два объяснения — одно связано с тюркско-мусульманским миром, другое с армянской географией.

Первая и самая прямая версия отталкивается от слова «кафан» (араб. kafan). В исламской традиции так называют саван — одежду, в которую облачают умершего. На первый взгляд, такое прозвище кажется мрачным, но на деле оно выполняло «охранительную» функцию: родители намеренно давали ребёнку имя или прозвище с «потусторонним» смыслом, чтобы обмануть злых духов и отвести от мальчика болезни и раннюю смерть. Желая сыну долгой жизни, его называли Кафаном — то есть «тем, кого смерть уже забрала», и тем самым якобы её обезвреживали. Этот приём хорошо известен в тюркской и славянской народной культуре. Фамилия образовалась по стандартной русской модели: прозвище Кафан + патронимический суффикс -ов, то есть «сын Кафана».

Вторая версия выводит фамилию из армянского топонима Кафан (современный Капан в Сюникской области на юге Армении). Это старый горный город, расположенный на крутых склонах по долине реки Вохчи. В прошлом Кафан был центром национально-освободительного движения под предводительством Давид-бека, а в XIX веке превратился в промышленный посёлок при рудниках и медеплавильных заводах. Если основатель рода происходил оттуда, то фамилия Кафанов — это указание на выходца из города Кафан (по аналогии с фамилиями на -ов от названий городов: Ростов, Тверитинов и т.п.). Проникновению такой инонациональной основы в русскую фамилию способствовал исторический факт: многие дворянские и служилые роды в России по своему происхождению были нерусскими, и их фамилии нередко фиксировали место выхода.

Из двух версий прозвищная (от слова «саван») кажется более универсальной: она легко объясняет появление фамилии в разных регионах, не привязывая род к одному городу. Топонимическая версия возможна, но требует документального подтверждения связи конкретной семьи с Капаном. Обе гипотезы, однако, сходятся в одном: в основе фамилии лежит не славянский, а заимствованный корень, что делает её заметной на фоне типичных русских фамилий.