Фамилия Кафтина образована от прозвища Кафтя, и её происхождение уходит корнями в несколько языковых традиций. Наиболее вероятную версию связывают с украинским глаголом «кавчати», что означает «каркать». В этом случае прозвище первоначально звучало как Кавтя — так могли прозвать человека с неприятным, резким голосом или пессимиста, склонного «каркать», то есть предсказывать неудачи. Со временем звук «в» перешёл в «ф», и прозвище приблизилось к современному произношению.

Суффикс -ин указывает на принадлежность: Кафтина — «дочь или жена Кафти», а в крестьянской среде — потомок человека с таким прозвищем.

Интересна и альтернативная версия, связанная с мокшанским словом «кафта» — «два». Не исключено, что слово использовалось как мирское имя для второго ребёнка в семье. Эта гипотеза объясняет фамилию без перехода «в» в «ф», но менее распространена из-за узкой региональной привязки.

Менее вероятна связь с арабским именем Кафи («способный, расторопный»), поскольку путь заимствования из мусульманской традиции в русскую фамилию менее типичен для такой формы.

Таким образом, фамилия Кафтина — скорее всего, украинская по корню, перешедшая в русскую среду через звуковые изменения. Её носители — потомки человека с прозвищем Кавтя/Кафтя, которое давали по голосу или характеру.