Фамилия Каган — одна из тех, что заставляют задуматься о происхождении не только семьи, но и целых государств. Её основа — древний титул «каган», который у тюркских народов раннего средневековья (авар, печенегов, хазар) обозначал верховного правителя, главу государства. Впервые это слово упоминается в летописях под 312 годом, когда его носили вожди жужан. С середины VI века титул закрепился за правителями Тюркского каганата, а затем перешёл к другим тюркоязычным народам.

Особый поворот этой истории — переход титула на Русь. От власти хазар его приняли киевские князья, чтобы подчеркнуть независимость от Хазарского каганата. На Руси «каган» бытовал до конца XII века. Позже, в Монгольской империи, значение термина сместилось: «каганом» стали называть императора, а подвластных правителей — просто ханами.

Словообразовательная модель фамилии проста: прозвище или титул Каган перешёл в фамилию без дополнительных суффиксов. Такие «чистые» фамилии (без -ов, -ин, -ский) характерны для поздних пластов русской ономастики и часто указывают на нерусское происхождение носителя.

Есть и вторая версия, менее связанная с политической историей, но не менее весомая. Прозвище Каган могли дать человеку, связанному с иудейской религиозной традицией. Оно восходит к древнееврейскому «коэн» (kohen) — священнослужитель, потомок Аарона. В этом случае фамилия указывает на принадлежность предка к сословию храмовых священников. Какая версия правдоподобнее? Для русской среды обе возможны, но первая — тюркская — шире распространена и лучше документирована в исторических источниках. Вторая вероятна для семей, имеющих еврейские корни и сохранивших память о религиозном служении.