Фамилия Каганер — одна из тех, где корень не вызывает споров, а вот суффикс и география заставляют задуматься. В её основе лежит слово «каган» — древний тюркский титул верховного правителя, хана ханов. В средневековой иудейской традиции титул «каган» (или «коган») закрепился за потомками первосвященников, но в случае с фамилией Каганер мы имеем дело не с сакральным, а с бытовым прозвищем или указанием на место.

Суффикс -ер здесь ключевой. В восточноевропейском еврейском ономастиконе (идиш, иврит) суффикс -ер часто указывал на профессию или происхождение: например, Шустер (сапожник), Фишер (рыбак), Берлинер (из Берлина). Каганер, скорее всего, означает «тот, кто имеет отношение к кагану» или «человек из рода Каганов». Но есть и вторая, более прозаичная версия: фамилия могла возникнуть как прозвище служителя при синагоге, ассистента когена (священника), то есть человека, который помогал «кагану» во время службы. В таком случае Каганер — это профессиональное имя, аналогичное фамилии Шамес (синагогальный служка).

Интересно, что фамилия бытует почти исключительно у евреев-ашкеназов, выходцев из черты оседлости — современной Украины, Беларуси, Молдовы и юго-западных губерний Российской империи. Встречается и вариант Кагановер, который прямо указывает на топоним — местечко Каганово (такое название носили несколько еврейских поселений на Волыни и в Подолии). Таким образом, Каганер могло быть сокращением от «Кагановер»: человек, переехавший из Каганова и получивший фамилию по месту выхода.

Сословно носители фамилии в XIX веке чаще всего были мещанами или ремесленниками. Дворянских корней у Каганер, как правило, нет — это фамилия городского еврейского населения, которое массово получало фамилии в начале XIX века после указов о переписи. Редкий суффикс -ер делает фамилию узнаваемой: она не смешивается с массой русских фамилий на -ов, а сразу выдает ашкеназское происхождение.