Фамилия Кальченя — редкий пример белорусского происхождения, который легко спутать с украинским или польским звучанием. Её основа — крестильное имя Каленик, народная форма канонического имени Каллиник (от греческого «прекрасный победитель»). Фамилию образовали с помощью типично белорусского суффикса -еня, который в восточнославянской ономастике выполняет роль уменьшительности или указывает на происхождение: «сын Каленика», «маленький Каленик». В украинском языке аналогичную роль играет суффикс -енко, а в польском — -ич или -ович, но -еня чётко привязывает фамилию к территории современной Беларуси и соседних областей России (Смоленщина, Брянщина).

Само имя Каленик в прошлом было весьма распространено в крестьянской среде, особенно на западе и северо-западе. Поэтому предок носителя фамилии Кальченя с высокой вероятностью был простым человеком — землепашцем или ремесленником, которого в быту звали Кальченя, то есть «Калеников сын» или просто «Калька» (уменьшительное от Каленик). Со временем прозвище закрепилось за его потомками как фамилия.

Интересная деталь: в русском языке фамилия могла бы писаться с окончанием -ев (Кальченев), если бы её принесли в великорусские земли и адаптировали под местные модели. Но форма Кальченя сохранилась в неизменном виде — это верный признак того, что фамилия не прошла через канцелярскую русификацию и осталась в исконном белорусском фонетическом облике. Встречается она нечасто, в основном в западных областях Беларуси и среди потомков переселенцев в Сибирь и на Дальний Восток.

Профессиональный словарь Б. Унбегауна «Русские фамилии» не выделяет Кальченя отдельно, но модель на -еня описывает как характерную для белорусского ареала. Иных версий происхождения (от тюркского или балтского корня) не существует — этимология прозрачна и лежит в православном именослове.