Фамилия Кандахаров звучит необычно для русского уха, и это не случайно: её основа — географическое название. В подавляющем большинстве случаев её носили люди, чьи предки имели отношение к афганскому городу Кандагар. В русском языке название города долгое время бытовало в форме «Кандахар» (такое написание встречается в классической литературе, например, у Пушкина). От этой топонимической основы с помощью стандартного русского патронимического суффикса -ов и образовали фамилию: Кандахаров — буквально «сын человека из Кандахара» или «потомок того, кто родом из Кандахара».

Интересно, что фамилия не обязательно указывает на прямого выходца из Афганистана. В Российской империи её могли получить, например, солдаты, служившие в Туркестане или участвовавшие в военных кампаниях в Средней Азии в XIX веке, и получившие прозвище «Кандахар» за то, что бывали в том регионе или внешне напоминали местных жителей. Также не исключён вариант, что фамилия — русифицированная форма тюркской или иранской фамилии, которую принесли с собой переселенцы из Закавказья или Средней Азии, где топоним «Кандахар» тоже хорошо известен.

Словообразовательная модель здесь прозрачна: корень «Кандахар» плюс суффикс -ов, указывающий на принадлежность. В отличие от фамилий на -ский (вроде Кандагарский), которые чаще давались по месту службы или владения, форма на -ов в этом случае скорее «прозвищная» или «отцовская». Фамилия редкая, в современных списках чаще встречается у людей, чьи предки жили в южных регионах бывшего СССР — в Азербайджане, Дагестане, а также в среде русских офицеров и чиновников, служивших на Кавказе и в Туркестане. Единой «дворянской» линии у Кандахаровых нет — фамилия бытовала в разных сословиях, но преимущественно не в крестьянской среде центральной России.