Фамилия Кандикараев происходит от мужского имени Кандикарай, которое, в свою очередь, складывается из двух смысловых частей. Первая часть — «Канди» — имеет несколько возможных толкований. Наиболее вероятно, что она восходит к персидскому «канд» (сахар), которое в переносном смысле означало «сладкий, любимый». Альтернативная версия связывает её с персидским именем Ганзи («нега, ласка»). Также не исключено, что в основе лежит название киргизского племени «канды» — в этом случае именование указывало на племенную принадлежность предка.

Вторая часть имени — «карай» — имеет более определённую этимологию. Она образована от тюркского имени, которое переводится как «стань грозным, сильным, мощным». Таким образом, полное имя Кандикарай можно понять как «сладкий (или любимый), будь сильным» — пожелание, заложенное в имя при рождении.

Словообразовательная модель фамилии типична для тюркских языков: к основе Кандикарай прибавляется русский патронимический суффикс -ев, указывающий на принадлежность («сын Кандикарая»). Это говорит о том, что фамилия формировалась уже в русскоязычной среде или под влиянием русской административной традиции, когда фамилии давались по отцу.

Фамилия Кандикараев — редкая и географически привязанная. Её носители встречаются преимущественно в Киргизии и среди киргизской диаспоры. В отличие от массовых русских фамилий, образованных от крестильных имён, эта фамилия сохраняет память о доисламских или раннеисламских тюркских именах с пожелательной семантикой. Сравнение с однокоренными фамилиями (например, Кандыбаев или Караев) показывает, что первая часть «Канди» встречается реже, чем «Кара», что делает фамилию Кандикараев особенно ценной для ономастики — она фиксирует редкую комбинацию корней.