Фамилия Капанцян — армянская по происхождению, и её разговор стоит начать с географической привязки. В основе лежит топоним Капан — город на юге Армении, в Сюникской области. Суффикс -ян (в старых написаниях -янц) — один из самых распространённых патронимических показателей в армянском языке; он указывает на принадлежность к роду или месту. Таким образом, Капанцян буквально означает «из Капана» или «капанец». Так могли назвать человека, который переехал из этого города в другое село или регион, и за ним закрепилось прозвище по месту прежнего жительства.

Версия о происхождении от личного имени менее вероятна, хотя в армянском антропонимиконе встречаются имена с корнем «кап» (например, Капак, от слова «связь, узел»). Но в случае с Капанцян связь с городом Капан очевидна и подтверждается массовостью топонимических фамилий в Армении: похожим образом образованы Ереванцян, Гюмреци, Ванецян и другие.

Капан — древний город, известный ещё с V века как центр исторической области Сюник. В разное время он был важным торговым и горнодобывающим пунктом. Носитель фамилии Капанцян мог происходить из семей ремесленников, купцов или рудокопов, но точную сословную принадлежность предков установить без генеалогического исследования невозможно — фамилия встречается и в крестьянской, и в мещанской, и в княжеской среде.

Форму Капанцян стоит отличать от варианта Капанян — тот же суффикс, но усечённый. Разница может быть следствием диалектных особенностей или ошибок записи при русификации в XIX–XX веках. В Российской империи армянские фамилии часто записывали на слух, и двойное -ц- в суффиксе -янц не всегда сохранялось.

В современной Армении и в диаспоре фамилия встречается нечасто, но устойчиво — её носители живут в Ереване, Сюникской области, а также в России, США и Франции. Известных исторических деятелей с этой фамилией в открытых источниках не зафиксировано, что делает её типичным примером локальной топонимической фамилии, не утратившей связи с родным городом.