Фамилия Капиталинин — редкая и нестандартная. Сразу бросается в глаза её основа: «капитал» или «капитал(ин)», что наводит на мысль о деньгах, богатстве или военном чине. Однако прямой связи с финансовым капиталом здесь, скорее всего, нет. Намного правдоподобнее, что в основе фамилии лежит церковное имя Капитолина (женская форма от редкого мужского имени Капитон, от латинского «capito» — «головастый»). Суффикс -ин указывает на принадлежность: «чей?» — Капиталинин, то есть сын или потомок человека по имени Капитолина. В русской традиции фамилии на -ин часто образовывались от женских имён, если мать была вдовой или главой семьи, но в случае с Капиталининым это могло быть и отчество от мужского прозвища Капиталя, которое давали человеку с большой головой или упрямому.

Вторая версия, менее распространённая, но имеющая право на существование, — связь с военным термином «капитан». В некоторых говорах «капитаном» называли не только офицера, но и зажиточного крестьянина, который «капиталил» — копил деньги. Однако фамилия Капиталинин звучит как «капитанский» с суффиксом -ин, что характерно для прозвищных фамилий: «капитан» + «-ин» = «сын капитана». Но тогда логичнее была бы форма Капитанов, а Капиталинин — это уже вторичное образование, возможно, от прозвища Капиталя (уменьшительное от капитан).

Географически фамилия встречается в центральных и южных регионах России, но крайне редко. В дореволюционных переписях её почти нет — это указывает на то, что она могла быть искусственной, семинарской (образованной от латинского или греческого корня в духовных училищах) или же возникла в результате ошибки писаря при записи фамилии Капитонов или Капитанов. В любом случае, Капиталинин — это фамилия-загадка, где за необычным звучанием скрывается либо старое русское отчество от редкого имени, либо позднее канцелярское искажение, ставшее семейным именем.