Фамилия Капитанников образована от прозвища Капитанник. В ее основе лежит слово «капитан», которое в России XVIII–XIX веков имело два основных значения: военный чин 9 класса (старший обер-офицер, ротный командир) и командир морского судна. Суффикс -ник в прозвище указывает на лицо, связанное с этим званием или обладающее соответствующими качествами. Так могли назвать и отставного офицера, и строгого, требовательного человека, который в быту командовал окружающими. Фамилия строится по стандартной модели: прозвище на -ник → притяжательное прилагательное на -ов (чей? — Капитанников сын, то есть сын Капитанника). Это указывает на то, что предок носителя фамилии был известен в округе именно как Капитанник, а не просто как капитан. Интересно, что фамилия Капитанников — одна из немногих, где основа не усекается перед суффиксом: полная форма прозвища сохраняется целиком, в отличие, например, от фамилии Капитанов (от Капитан → Капитанов). Такая словообразовательная особенность встречается реже, что делает фамилию заметной на фоне однокоренных.