Фамилия Капитанникова — женская форма фамилии Капитанников, которая в свою очередь образована от прозвища Капитанник. В основе лежит слово «капитан», но не стоит сразу представлять себе морского офицера: в России XVIII–XIX веков этот чин существовал и в сухопутных войсках. Капитан — это обер-офицер 9-го класса по Табели о рангах, командир роты, по статусу приравненный к титулярному советнику на гражданской службе. Прозвище Капитанник мог получить человек, носивший этот чин — так на Руси нередко «закрепляли» за человеком его должность или звание, превращая его в родовое имя.

Однако есть и другая, более прозаичная версия. Суффикс -ник в прозвище Капитанник указывает не столько на обладание чином, сколько на характер или поведение. В народной речи «капитанником» могли назвать и гражданского человека, который держался надменно, любил командовать или отличался излишней требовательностью — эдакий «капитан» в быту, без всякого отношения к военной или морской службе. Такие прозвища по поведенческим чертам давали метко и на всю жизнь, а уж потом они переходили в фамилии.

Сама модель образования типична для русских фамилий: основа Капитанник- плюс патронимический суффикс -ов (в женском роде -ова). Этот суффикс означает принадлежность: «сын Капитанника» или, в случае с женской формой, «дочь/жена Капитанникова». Фамилия не относится к числу распространённых — её географическая привязка слабая, но можно предположить, что корни семьи лежат в центральных или южных губерниях России, где военные чины и прозвища на -ник были особенно употребительны.

Таким образом, Капитанникова — фамилия, которая могла появиться и в офицерской среде, и в крестьянской или мещанской, где прозвище давали по характеру. В любом случае, её носительница — потомок человека, которого окружающие прочно ассоциировали с образом капитана, будь то чин или манера поведения.