Фамилия Капитей — редкая и нестандартная для русского уха. Если бы она была обычной, то оканчивалась бы на -ов, -ин или -ский. Суффикс -ей здесь указывает на иной, нерусский путь происхождения. Скорее всего, перед нами фамилия-прозвище из южнославянских или румынских земель, попавшая в русский обиход через переселение или этнические контакты.

Основа «капит» восходит к латинскому caput — «голова», «глава». В южнославянских языках (сербском, болгарском) слово «капетан» или «капитан» означает военачальника, а «капитей» могло быть прозвищем человека, который командовал, руководил или просто держался важно, «как капитан». В румынском языке capetei — форма от cap («голова»), и фамилия могла означать «головной», «главный» или даже «смышлёный». Таким образом, Капитей — это не «сын капитана» (как было бы в русской модели), а прямое прозвище, закрепившееся за конкретным человеком.

Вторая, менее вероятная версия — связь с греческим καπητείο (капитио) — «кабачок», «харчевня». Тогда прозвище могли дать содержателю питейного заведения или, в переносном смысле, любителю посидеть в трактире. Но эта гипотеза слабее, так как греческая фамилия в русском контексте обычно сохраняла бы окончание -пулос или -оглу.

Географически фамилия Капитей встречается в основном на юге России и Украины, в зоне контакта с молдавским и сербским населением. В центральных областях России она почти не известна. Это говорит о том, что предки носителя фамилии, вероятно, были переселенцами с Балкан или из Бессарабии, где подобные прозвища были обычны.

С точки зрения словообразования, фамилия не получила русского суффикса принадлежности, а сохранила исходную форму прозвища. Такие фамилии — «застывшие» прозвища — характерны для украинской и белорусской традиции, но Капитей стоит особняком из-за явной южнославянской основы. В русских документах XVIII–XIX веков её могли записать как «Капитеев», если бы дали окончание -ев, но корень «капит» остался бы неизменным.