Фамилия Капитохин — одна из тех, где за простым крестьянским суффиксом -ин стоит необычная основа. В отличие от подавляющего большинства русских фамилий на -ов/-ев, образованных от полных церковных имён (Иванов, Петров), Капитохин использует разговорную, усечённую форму имени Капитон — Капитоха. Суффикс -ин указывает на принадлежность: «чей?» — Капитохин, то есть сын или потомок Капитохи.

Имя Капитон — редкое, но не исчезнувшее. Оно латинского происхождения, от capito — «головастый», «большеголовый». В святцах оно есть, но широкого хождения в народе не имело, поэтому фамилия Капитохин встречается нечасто. Основной ареал бытования — центральные и северные области России, где имя Капитон иногда давали в монашеской среде или в старообрядческих семьях, ценивших редкие, «не мирские» имена.

Интересная деталь: в некоторых говорах слово «капитон» могло быть прозвищем для упрямого, своенравного человека (от диалектного «капиться» — упрямиться). Однако для фамилии Капитохин это скорее вторичная версия — первичным было именно крестильное имя. Фамилия фиксируется в писцовых книгах XVII века, например, в Вологодском уезде, что подтверждает её древнее крестьянское происхождение.

По сословному составу Капитохины — почти исключительно крестьяне и мещане. Дворянских родов с такой фамилией не зафиксировано, что тоже говорит о её «низовой» природе: имя Капитон не входило в число престижных, родовых имён высшего сословия. Сегодня фамилия остаётся редкой и локальной, не размножившейся до массовой.