Фамилия Каплицин — довольно редкая, и её происхождение не лежит на поверхности. В ней сразу обращает на себя внимание суффикс -ин, который в русских фамилиях обычно указывает на принадлежность: «чей?» — Каплицин, то есть сын или потомок человека по прозвищу или имени Каплица. Это типичная модель для центральной и северной России, где фамилии на -ин образовывались от слов женского рода или от прозвищ с конечным -а/-я.

Корень здесь — капл-, что отсылает к слову «капля». Самая прямая версия: прозвище Каплица могли дать человеку небольшого роста, щуплому или, наоборот, очень медлительному, «капающему» по капле. В русских говорах слово «каплица» имело и конкретное значение — это небольшая деревянная или глиняная посудина для святой воды в церкви, «капелька». Соответственно, прозвище могло закрепиться за пономарём или церковным служкой, который с ней работал. Менее вероятна, но возможна связь с диалектным глаголом «каплиться» — копиться, накапливаться, что могло указывать на бережливого или запасливого хозяина.

В отличие от более распространённой фамилии Каплин (от «капля» или от имени Капитон), форма Каплицин — вторичная. Суффикс -иц- в основе (Каплиц-а) мог появиться как уменьшительно-ласкательный, либо как указание на происхождение из конкретного места — например, из деревни Каплицы. В ономастике это нередкий случай, когда фамилия строится не напрямую от нарицательного слова, а от уже сложившегося прозвища с суффиксом субъективной оценки.

Географически фамилия встречается разрозненно, но с некоторым тяготением к южным областям России (Воронежская, Ростовская области) и к Уралу. В дореволюционных переписях Каплицины чаще числились среди крестьян и мещан, без привязки к дворянским родам. Таким образом, предок носителя этой фамилии — скорее всего, человек либо с заметной внешней особенностью (маленький, «капля»), либо имевший отношение к церковной утвари, либо выходец из небольшого поселения с похожим названием.