Фамилия Каплуя — редкая и нестандартная для русского уха. Её основа не имеет отношения к славянским корням, а суффикс -уя выбивается из привычных фамильных моделей (-ов, -ин, -ский). Чтобы понять происхождение, нужно смотреть на южные и западные регионы бывшей Российской империи.

Наиболее вероятная версия — молдавское или румынское происхождение. В румынском языке слово «cap» означает «голова», а «lui» — родительный падеж местоимения «его». Фамилия могла образоваться от прозвища, означавшего «его голова» — так могли называть главу семьи, старейшину или упрямого человека. Суффикс -уя характерен для молдавских и украинских фамилий, адаптированных под русскую письменность (ср. Капшу, Бужу, Кочуя). В этом случае фамилия — не калька с прозвища, а его прямая транслитерация.

Вторая версия — от украинского или польского диалектного слова «каплун» (каплун — кастрированный петух, откормленный на мясо). В таком случае форма Каплуя могла быть патронимом: «сын Каплуна», но с местным окончанием -я, характерным для западноукраинских говоров. Однако эта гипотеза слабее: обычно от «каплун» образовывались фамилии Каплунов, Каплуненко, Каплунский.

Географически фамилия Каплуя тяготеет к Бессарабии, Буковине и Молдавии. В дореволюционных переписях она встречается в Хотинском и Аккерманском уездах, где было смешанное молдавско-украинское население. Носители фамилии, скорее всего, были крестьянами или мещанами, а прозвище давалось по характеру или положению в общине.

Таким образом, фамилия Каплуя — это редкий случай, когда прозвище перешло в фамилию почти без изменений, сохранив местный говор. Для этимолога она интересна именно нетипичной моделью: не через суффикс, а через застывшую форму родительного падежа, что указывает на прямую фиксацию прозвища в документах.