Фамилия Капрынина — женская форма, мужской вариант — Капрынин. Она образована по очень продуктивной модели с суффиксом -ин, который в русских фамилиях указывает на принадлежность: «чей?» — «Капрынин», то есть сын или потомок человека по прозвищу Капрыня. В основе лежит неканоническое имя или прозвище, и здесь есть несколько равноправных версий, каждая из которых ведёт к разному социальному портрету предка.

Самая прямая версия связывает прозвище с диалектным словом «капрыга» или «капрын» — так в некоторых русских говорах называли упрямого, капризного или вздорного человека. В этом случае фамилия — отчество от прозвища, данного за характер. Менее очевидный, но тоже возможный путь — от слова «капор» (головной убор) через форму «капрыня»: так могли прозвать мастера, который шил капоры, или человека, который постоянно носил такой головной убор. В северных и центральных губерниях «капор» был женским головным убором, и прозвище могло закрепиться за портным или за мужчиной, который по какой-то причине ассоциировался с этим предметом.

Третья, более редкая гипотеза отсылает к основе «капры» — так в некоторых местах называли мелкую рыбу (ершей или пескарей). Тогда прозвище Капрыня мог получить рыбак или человек маленького роста, щуплого телосложения. В отличие от многих фамилий с однозначной этимологией, Капрынин/Капрынина не привязана к какому-то одному ремеслу или имени — её носители могли происходить из крестьян, ремесленников или мещан, и корень прозвища остаётся предметом спора среди ономастов. Фамилия встречается в основном в центральной России и Поволжье, но не относится к числу распространённых — это редкий случай, когда прозвищная основа не превратилась в массовую фамилию.