Фамилия Каптурин образована по одной из самых распространённых в России моделей: от прозвища или мирского имени с помощью суффикса принадлежности -ин. Суффикс указывает на то, что основатель рода был «сыном» или «человеком» того, кто назван в корне. В данном случае корень — «каптур».

Само слово «каптур» имеет два основных значения, и оба могли дать начало фамилии. Первое и самое вероятное — это головной убор. В старину каптуром называли меховую шапку, капюшон или особый женский убор. Прозвище Каптур могли дать человеку, который всегда носил характерную шапку, шил или торговал шапками. Второе значение — диалектное, встречающееся в южнорусских говорах: «каптур» — это кошелёк или мешочек для денег. В этом случае прозвище могло относиться к бережливому, запасливому хозяину или, наоборот, к скупому человеку.

Интересно, что фамилия Каптурин встречается реже, чем её «брат» Каптуров, образованный тем же суффиксом, но с другим окончанием. Разница в суффиксах (-ов и -ин) исторически могла указывать на разные диалектные зоны: фамилии на -ин чаще встречались на севере и в центральной России, тогда как -ов — типично для южных регионов. Таким образом, Каптурин, скорее всего, имеет северное или среднерусское происхождение, в то время как Каптуров — южное. Впрочем, со временем границы стёрлись, и сейчас обе фамилии можно встретить в разных областях.

В словаре русских фамилий Б. Унбегауна подобные образования разбираются как типичные для прозвищ, связанных с одеждой. Если опираться на эту логику, то предок носителя фамилии Каптурин мог быть либо ремесленником-скорняком, либо просто человеком, которого окружающие запомнили по необычной шапке. Никаких документальных подтверждений знатного происхождения у этой фамилии нет — она относится к числу крестьянских и посадских, то есть возникла в среде простых людей, где прозвища были особенно устойчивы.

Фамилия не слишком распространена, но и не является уникальной. Её носители живут в разных регионах России, и, как правило, не связаны между собой прямым родством — фамилия могла возникнуть независимо в нескольких местах, если в каждом из них был свой «Каптур».