Фамилия Капустник образована от мирского имени или прозвища Капустник. В основе лежит слово «капуста». На Руси капуста была одним из главных овощей, её солили, квасили, варили, ели круглый год. Популярность этого растения объясняет и частоту прозвищ, от него образованных.

Возможны два пути возникновения фамилии. Первый — от мирского имени Капустник. До крещения Руси и долгое время после него детям давали нецерковные имена по названиям растений, животных, предметов быта. Такое имя должно было стать оберегом или пожеланием. Второй путь — от прозвища Капустник. Так могли называть крестьянина, который выращивал капусту на продажу, или знахаря, лечившего отваром капустных листьев.

Словообразовательная модель прозрачна: суффикс -ник указывает на лицо по роду занятий или характерному признаку (сравните: огородник, грибник, сапожник). Фамилия Капустник — одна из немногих русских фамилий, сохранивших эту древнюю модель в чистом виде, без патронимических суффиксов -ов, -ев, -ин. Такие «нестандартные» фамилии чаще встречались на юге России, в Слобожанщине и у казачества, где прозвища дольше не переоформлялись в притяжательные формы.

В отличие от более распространённых Капустина или Капусткина, фамилия Капустник встречается реже. Это не делает её происхождение менее интересным: она напрямую отсылает к занятию или личному прозвищу предка, минуя промежуточную стадию «чей сын?».