Фамилия Капутя — редкий пример, где фамильное прозвище образовано напрямую от экспрессивного междометия. Основа здесь — «капут», латинское слово, означающее «конец», «гибель», которое через немецкий язык (kaputt — «разбитый», «сломанный») закрепилось в русском просторечии. Человек, получивший такое прозвище, мог быть отчаянным, лихим, склонным к риску — тем, про кого говорили «ему всё капут» в смысле «ему всё нипочём», или же, наоборот, неудачником, у которого всё шло прахом. Суффикс -я в русских фамилиях (ср. Костя, Вася) нередко придаёт прозвищу уменьшительно-пренебрежительный оттенок, так что Капутя — это «маленький капут», то есть либо шутливое домашнее имя, либо прозвище невысокого или слабого человека, которого постоянно преследуют неудачи.

По модели образования фамилия Капутя стоит в ряду таких же прозвищных фамилий, как Капутов, Капутин, Капутский. Но если фамилии на -ов и -ин типичны для центральной России, то фамилия на -я — явление юго-западное, украинское или белорусское. Она могла возникнуть на территории современной Украины или в южных областях России, где под влиянием польского и украинского языков распространилось слово «капут» в значении «конец», «гибель». В польском языке «kaput» тоже имеет значение «сломанный», «испорченный», что указывает на возможное польское или западнорусское происхождение прозвища.

С точки зрения социальной истории, носитель такой фамилии вряд ли принадлежал к высшим сословиям. Фамилии, образованные от междометий и бранных слов, чаще всего получали крестьяне или посадские люди. В ревизских сказках и переписях XIX века фамилия Капутя встречается крайне редко, что подтверждает её локальный характер. В современной России она практически не распространена и может быть результатом искажения более частых фамилий — например, Капуткин или Капутов, — либо сохранилась в виде единичных родов на западе страны.

Таким образом, фамилия Капутя — яркий пример того, как живая разговорная речь, экспрессивное слово, закрепилось в качестве фамильного прозвища. Предок носителя этой фамилии, скорее всего, был человеком с заметной чертой характера — либо отчаянным смельчаком, либо тем, кого преследовали неудачи, и это прозвище передалось потомкам в неизменной, слегка уменьшительной форме.