Фамилия Каркус — редкий пример, где суффикс -ус указывает на нерусское происхождение. В русской ономастике такой формант нехарактерен: обычно так оформляли фамилии в Прибалтике, Польше и немецких землях. Поэтому искать корни фамилии стоит не в славянских говорах, а в языках балтийской группы.

Самая вероятная версия связывает фамилию с литовским глаголом karkti — «клохтать, кряхтеть, хрипеть». Прозвище Карк могли дать человеку с хриплым голосом, тому, кто постоянно покашливал, кряхтел от болезни или старости. В бытовой речи такое прозвище могло закрепиться и за ворчуном — человеком, который всегда был чем-то недоволен и издавал характерные звуки. Эта версия опирается на живую народную наблюдательность: прозвища по голосу и манере говорить давали часто.

Есть и альтернативное объяснение — от эстонского kark, что значит «костыль». В этом случае прозвище Карк получал хромой, передвигавшийся с помощью костыля. Но прозвать могли и мастера, который делал костыли, или торговца, который их продавал. Обе версии не противоречат друг другу географически: фамилия могла возникнуть на стыке литовских и эстонских земель, в регионах, где смешивались языки и культуры.

Суффикс -ус в фамилии Каркус — типичное окончание для фамилий, записанных по латышскому или литовскому образцу. В русской традиции такое прозвище оформили бы как Карков или Каркин, но балтийское влияние сохранило исходную форму. По сословной принадлежности носители фамилии скорее всего были крестьянами или ремесленниками — прозвища по физическим особенностям или профессии давали именно в низших слоях общества.

Фамилия редкая, в дореволюционных справочниках почти не встречается. Основной ареал — западные губернии Российской империи, где жили литовцы, латыши и эстонцы. Если искать однокоренные фамилии, то в русском языке ближе всего Карков, в литовском — Каркля, Каркаускас.