Фамилия Карнюна — редкий случай, когда географическая привязка оказывается важнее разбора корня. Она почти наверняка литовского происхождения, и это ключ к её пониманию. В Литве фамилии с окончанием на -уна (-ūna) — обычное дело, они образуются от личных имён или прозвищ. Основа здесь — Карн- (Karn-), которая может восходить к литовскому слову «karnas», означающему «лыко» или «липовое мочало». Прозвище Карнюна могли дать человеку, который занимался заготовкой лыка, плетением лаптей или мочальных изделий — ремеслом, распространённым в лесных районах Прибалтики.

По модели образования фамилия Карнюна — типичная литовская фамилия на -уна, обозначающая потомка или принадлежность к роду. В русском языке такие фамилии не склоняются по падежам, что сразу выдает их иноязычное происхождение. Если бы фамилия была славянской, она скорее всего имела бы суффикс -ов или -ин (Карнов, Карнин) и звучала бы иначе.

Встречается фамилия в основном в западных регионах России, граничащих с Литвой, и в самой Литве. В польском языке есть схожая фамилия Karniuna, что подтверждает её балтийский след. Спорных версий немного: иногда корень связывают с литовским «karnėti» (твердеть, застывать), но это менее вероятно — ремесленное прозвище всегда конкретнее и устойчивее. Так что предки носителя фамилии Карнюна, скорее всего, были мастеровыми, работавшими с лубом и лыком, и жили на территории исторической Литвы или Жемайтии.