Фамилия Каршегенов — пример редкой для русской ономастики модели, где в основе лежит не славянское, а тюркское личное имя. Это не прозвище, переосмысленное по-русски, а напрямую заимствованное имя Каршеген, к которому добавили стандартный русский патронимический суффикс -ов (означающий «сын» или «потомок»).

Имя Каршеген, скорее всего, восходит к татарскому «каршига» или казахскому «қаршыға». В обоих языках это название хищной птицы: «орел» или «рябец тетеревятник сибирский» (разновидность ястреба). В доисламской тюркской традиции давать детям имена по названиям сильных зверей и птиц было распространено — считалось, что имя передает носителю качества животного. Называя сына Каршегеном, родители желали ему стать зорким, сильным и удачливым охотником.

В русском языке имя прошло через адаптацию: конечный гласный отпал, а корень влился в привычную для фамилий форму. Суффикс -ов указывает, что фамилия закрепилась в центральных или южнорусских регионах, где было активно тюркско-славянское пограничье. Среди однокоренных фамилий — Каршигин, Каршигов, Каршеев, но Каршегенов стоит особняком из-за редкого форманта -ген, который в тюркских именах может означать «широкий», «просторный» или быть частью сложного имени.

Другие версии происхождения (например, от русского диалектного слова) маловероятны: в славянских говорах нет корня «карше-» со значением птицы или охоты. Фамилия не принадлежала к дворянским родам — её носители, скорее всего, были служилыми людьми, казаками или крестьянами, воспринявшими имя от тюркского соседа или предка-мусульманина, принявшего крещение. Сословная принадлежность, как и точные даты появления фамилии, не зафиксированы в открытых источниках, но сама модель образования указывает на XVI–XVII века, когда активно шло оформление русских фамилий у нетатарского населения.