Фамилия Катуна — редкий случай, когда суффикс выдаёт географию точнее, чем корень. Окончание -а здесь не женское, а белорусское или украинское: в этих языках фамилии на -а, -о часто не склоняются по роду и образуются напрямую от прозвища без добавления -ов или -ин. Если бы фамилия возникла в великорусских говорах, она скорее звучала бы как Катунин или Катунов. Значит, основа фамилии — прозвище Катун — бытовала на западе или юго-западе восточнославянской территории.

Само слово «катун» многозначно, и здесь стоит разобрать две основные версии. Первая и самая прямая: в южнорусских и украинских диалектах катуном называли того, кто катает валенки или шерсть для войлока. Это ремесленное прозвище, распространённое в местах валяльного промысла — например, на Слобожанщине или в Поднепровье. Вторая версия отсылает к тюркскому «катун» (женщина, госпожа, жена хана) — слово вошло в русские говоры через татарское и башкирское влияние. Но прозвище с таким значением редко давали мужчине, а фамилия Катуна заведомо мужского рода (ср. аналогичную модель у фамилий Шевченко, Головко). Поэтому тюркская гипотеза слабее: она могла бы объяснить фамилию, если бы её носители происходили из смешанной русско-татарской среды, но для этого нет массовых подтверждений.

Есть и третий, более прозаичный вариант: в некоторых говорах «катун» — то же, что «каток», то есть гладкий, округлый предмет или даже утрамбованная дорога. Прозвище могли дать по внешности (круглолицый, полный) или по характеру (катучий, непоседливый). Однако ремесленная версия остаётся основной, потому что фамилии от названий занятий — один из самых частых и устойчивых типов в восточнославянской ономастике.

Географически фамилия Катуна встречается в основном в Беларуси и на Украине, реже — в западных областях России. Это подтверждает её связь с диалектной средой, где суффиксальная модель на -а сохранилась до наших дней. Носители фамилии могли быть как ремесленниками-валяльщиками, так и крестьянами, получившими прозвище от односельчан за какую-то особенность. Точных исторических записей о первых Катунах нет, но по словообразованию фамилия явно не древняя дворянская, а народная, крестьянская или мещанская, оформившаяся не раньше XVII–XVIII веков.