Фамилия Кайданенко — характерный пример украинской фамилии, образованной по продуктивной модели с суффиксом -енко. Этот суффикс в XVI–XVIII веках в Поднепровье и Слобожанщине означал «сын» или «потомок», а со временем закрепился как фамильный, став самым массовым типом украинских фамилий. В основе фамилии лежит прозвище или имя Кайдан, которое и дало начало роду.

Корень кайдан имеет тюркское происхождение. В тюркских языках «кайдан» — это цепь, кандалы, оковы. В украинские говоры слово вошло в значении «кандалы» или «колодки», а также могло означать «цепь» или «путы». Прозвище Кайдан могли дать человеку по разным причинам. Самая прямая версия — за занятие: кузнецу, который ковал кандалы, или тюремщику, который их надевал. Менее очевидная, но тоже возможная — человеку с тяжёлой, «скованной» походкой или упрямому, несговорчивому, кого «не удержишь и на цепи». Наконец, в редких случаях это могло быть прозвище бывшего каторжника или человека, побывавшего в плену, но такая версия менее вероятна для закрепившейся фамилии — вряд ли её давали бы детям.

С точки зрения географии, фамилия Кайданенко наиболее характерна для центральных и восточных областей Украины — Полтавщины, Черкащины, Киевщины, а также для южных регионов, куда переселялись казаки. В России она встречается реже, преимущественно в южных областях и Краснодарском крае, куда попала с волнами переселения украинских крестьян в XIX — начале XX века.

Словообразовательный разбор прост: основа Кайдан + патронимический суффикс -енко. Ударение в фамилии обычно падает на предпоследний слог: Кайда́ненко, хотя в некоторых говорах возможно смещение. Родственных фамилий много: Кайданов, Кайдановский, Кайдаш, Кайда — все они восходят к тому же тюркскому корню, но образованы разными суффиксами. Фамилия Кайданенко, таким образом, говорит о том, что предок носителя был человеком, связанным с оковами либо по ремеслу, либо по прозвищу, а сама фамилия сложилась в среде запорожского казачества и украинского крестьянства.