Фамилия Кайданюк — яркий пример украинской модели фамилий на -юк. Суффикс -юк (как и -ук, -чук) типичен для западноукраинских земель, особенно для Волыни, Подолья и Полесья. Он указывает на родство или принадлежность: Кайданюк — это «сын Кайдана» или «малый Кайдан», то есть потомок человека по прозвищу Кайдан.

Корень «кайдан» напрямую отсылает к слову «кайданы» — оковы, цепи для заключённых. В украинском и польском языках это слово закрепилось со времён турецкого влияния (из арабского через тюркские языки). Прозвище Кайдан могли дать человеку по нескольким причинам. Самая вероятная — профессиональная: так могли называть кузнеца, который ковал кандалы, или тюремщика, надзирателя, который эти кандалы надевал. Вторая версия — бытовая, ироничная: так могли прозвать неуклюжего или медлительного человека, чья походка напоминала движения скованного цепями. Третья, более редкая, — именная: в некоторых говорах «кайданом» называли большую железную цепь, и прозвище могло закрепиться за человеком крепкого телосложения, «железного» здоровья.

Встречается фамилия и в варианте Кайданюк, и в польской записи Kajdaniuk, что говорит о бытовании на территории бывшей Речи Посполитой. Интересно, что фамилия не получила широкого распространения в центральной и восточной Украине: она осталась диалектно-региональной, что подтверждает её западноукраинские корни. Социально предки могли относиться к ремесленникам или служилым людям — в любом случае прозвище было связано с вполне конкретным, «железным» ремеслом или тюремным бытом, а не с отвлечёнными качествами.