Фамилия Кажикин — наглядный пример того, как простое прозвище или мирское имя становится фамилией с помощью типичного русского суффикса принадлежности. Её основа — «Кажика» или «Кажик». В русской ономастике суффикс -ин указывает на то, что фамилия образована от слова, оканчивающегося на гласную или мягкий согласный, и отвечает на вопрос «чей?»: «сын Кажики». Такая модель — одна из самых распространённых в северных и центральных губерниях России.

Корень «каж-» неоднозначен. Самая прямая версия — диалектное слово «кажик» или «кажак», означавшее «калека», «увечный», «хромой». В говорах Вологодчины, Архангельской области и Урала «кажиком» могли назвать человека с физическим недостатком, но без уничижительного оттенка — скорее как бытовую примету. Прозвище закреплялось за родом и со временем теряло связь с исходным значением.

Вторая версия — от имени или прозвища Кажа. Кажа — это краткая форма от канонического имени Кассиан (в народе — Касьян) или от редкого имени Кодрат. В русской традиции такие усечённые формы (Кажа, Каша, Катя) были нормой: их использовали в быту, а при переходе в фамилию добавляли суффикс. Тогда Кажикин — «внук Кажи», то есть потомок некоего Кажи, Касьяна.

Третья, менее вероятная версия — связь с тюркскими языками, где «кажы» (хаджи) означает «паломник, совершивший хадж». Но для фамилии, зафиксированной в русских переписях XIX века, это скорее случайное созвучие, чем реальный источник.

Фамилия редкая, не входит в сотни самых распространённых. Встречается в основном на севере европейской части России — в Архангельской, Вологодской областях, а также в Поволжье. В дореволюционных метрических книгах Кажикины — преимущественно крестьяне и мещане, реже — священники. Сословной элиты среди них не было, что типично для фамилий, образованных от прозвищ с конкретным бытовым значением.