Фамилия Кенжебекова — яркий пример тюркской модели образования, где личное имя целиком перешло в родовое прозвание. Её основа — составное мужское имя Кенжебек, которое в прошлом было распространено у казахов и других тюркских народов. Разберём его по частям: первая часть, «кенже», в древнетюркском и татарском языках означала «богатство, ценность». Однако у этого слова был и более конкретный бытовой смысл — так называли самого младшего, «последнего» ребёнка в семье. Поэтому имя с компонентом «кенже» часто давали младшему сыну, подчёркивая его особое положение и ценность для родителей. Вторая часть, «бек», — широко известный титул, который переводится как «князь, повелитель, господин». В итоге имя Кенжебек можно истолковать как «младший господин» или «драгоценный правитель».

Фамилия образована по стандартной для русской и советской паспортной системы модели: к основе Кенжебек добавили суффикс -ов, получив мужской вариант Кенжебеков, а женская форма Кенжебекова возникла как грамматическое производное от него. Это указывает на то, что фамилия фиксировалась в документах в период, когда ономастика народов Средней Азии и Казахстана адаптировалась под русскую делопроизводственную норму.

В архивных источниках фамилия встречается с конца XIX века. Например, в Сведениях ДКНБ РК по Алматинской области упоминается казахский пастух Кенжебеков Молдабек, родившийся в 1882 году в Каратальском районе Алматинской области, в колхозе «Бижи». Эта запись — ценное свидетельство того, что носители фамилии были крестьянами-скотоводами, вели традиционный хозяйственный уклад в Семиречье. Фамилия Кенжебекова не содержит в себе указания на сословную принадлежность — её носили и простые кочевники, и потомки родоплеменной знати, так как имя «бек» в составе не обязательно указывало на реальный титул, а часто было просто желанным именем-пожеланием.