Фамилия Хантуев — редкая, и её происхождение почти наверняка связано с этнонимом «ханты». Человек, получивший такое прозвище, скорее всего, был выходцем из народа ханты, жившего на севере Западной Сибири. В русской среде инородцев часто называли по народности: «хант», «зырянин», «калмык» — и давали фамилии с типичным русским суффиксом принадлежности -ев. Так появился Хантуев, то есть «сын ханта». Основа здесь — «хант», а суффикс -у- мог возникнуть на стыке с окончанием фамилии или как вариант огласовки в говорах (ср. Хантуев и Хантов — оба возможны, но первый встречается реже).

Вторая, менее вероятная версия отталкивается от тюркского имени Ханту, где «хан» — правитель, а «ту» — рожденный, то есть «рожденный правителем». Однако для тюркских фамилий типичнее суффиксы -ов/-ев, но не -уев, а распространение фамилии зафиксировано не в мусульманских регионах, а на севере и в Сибири. Поэтому версия с хантами убедительнее.

Географически Хантуевы встречаются в Западной Сибири (Тюменская область, Ханты-Мансийский округ) и в центральной России. Это указывает на то, что предки носителя фамилии могли быть коренными жителями тайги или тундры, которых записывали по этнической принадлежности при переписях, либо русскими охотниками и купцами, получившими прозвище за долгую жизнь среди хантов. Сословно — скорее всего, государственные крестьяне или инородцы, не принадлежавшие к дворянству.

Фамилия уникальна тем, что сохранила не просто этноним, а его разговорную форму с характерным «у» вместо нулевого окончания. В словарях русских фамилий (например, у Б. Унбегауна) модель «этноним + суффикс» описана как типовая, но конкретно Хантуев — пример локального, нестоличного происхождения, не попавший в массовые справочники.