Фамилия Хантуров звучит непривычно для русского уха, и это не случайно: её корни уходят в тюркские языки. Основа «хантур» или «хонтур» в диалектах сибирских татар и башкир означала «куница» или «соболь» — ценного пушного зверя. Прозвище Хантур могли дать ловкому, проворному охотнику, либо человеку, который торговал мехами или шил из них одежду. В некоторых говорах слово имело и переносное значение — «хитрец», «увёртливый», что тоже могло закрепиться как прозвище.

Фамилия образована по стандартной русской модели с патронимическим суффиксом -ов. Это значит, что в основе лежит личное имя или прозвище отца — Хантур. Сын такого человека становился Хантуровым, то есть «сын Хантура». Суффикс указывает на то, что фамилия сложилась в великорусской среде, вероятнее всего, в XVI–XVII веках, когда русские крестьяне и служилые люди активно осваивали Поволжье и Приуралье, контактируя с тюркским населением.

Географически фамилия тяготеет к регионам, где пересекались славянский и тюркский миры: Татарстан, Башкортостан, Оренбургская область, юг Урала. Встречается она и у русских, и у крещёных татар, и у башкир, принявших православие. В дореволюционных переписях носители фамилии чаще всего числились государственными крестьянами или казаками — сословиями, которые активно смешивались с местными народами.

Менее вероятная, но возможная версия — происхождение от арабского имени Хантур (вариант Хандур), которое встречается у мусульманских народов. В этом случае фамилия была бы искусственно русифицирована при переходе в православие или при записи в метрические книги. Однако пушная версия надёжнее, поскольку опирается на живую диалектную лексику и понятную модель прозвища.