Фамилия Хоботина — женская форма, а мужская — Хоботин. В основе лежит прозвище или нецерковное имя Хобот. В древнерусском языке «хобот» означало не только хобот слона, но и хвост животного, а также длинный конец чего-либо. Прозвище Хобот могли дать человеку с какой-то приметной чертой: например, длинноносому или тому, кто ходил за кем-то «хвостом», то есть неотступно следовал. Есть и другая, менее очевидная версия: в некоторых говорах «хоботом» называли неповоротливого, неуклюжего человека. Какую из них считать главной — сказать трудно, но первая, основанная на внешнем признаке, встречается в ономастике чаще.

Суффикс -ин указывает на принадлежность: Хоботин — это «сын Хобота» или «человек из рода Хобота». Такая модель типична для русских фамилий, образованных от прозвищ и имен, оканчивающихся на согласный или -а/-я. По сословной принадлежности Хоботины могли быть крестьянами или посадскими людьми, но не исключено, что и служилыми — прозвища такого типа не были закреплены за одним сословием.

Географически фамилия встречается в центральных и северных областях России, но не является частой. В письменных источниках XVII века встречаются упоминания крестьян с прозвищем Хобот, например, в переписных книгах Новгородской земли. Однако конкретных дат и имён носителей фамилии Хоботин в ранних документах пока не выявлено — это редкий случай, когда письменная фиксация отстаёт от устной традиции.

Стоит заметить, что фамилия не имеет отношения к слову «хобот» в значении «слоновий нос» — это значение закрепилось в русском языке поздно, под влиянием западных языков. Древнее значение — «хвост» или «конец» — куда более вероятная основа. Родственные фамилии — Хоботов, Хоботнев, Хоботков — образованы от той же основы, но с разными суффиксами, что говорит о самостоятельном появлении прозвища в разных местностях.

В современной России фамилия Хоботина встречается спорадически, без ярко выраженного регионального центра. Носителей немного, и каких-либо известных деятелей с такой фамилией в открытых источниках не зафиксировано. Это не делает её менее интересной — напротив, такие фамилии часто хранят в себе следы диалектных слов или забытых прозвищ, которые уже не встретишь в живой речи.