Фамилия Хоботкин образована от прозвища Хоботок, и её корень напрямую связан со словом «хобот». В древнерусском языке «хобот» означал не только слоновий нос, но и хвост (змеиный, драконий), а в некоторых диалектах — конец, край, отросток. Прозвище Хоботок могли дать человеку с длинным носом или, в переносном смысле, тому, кто «тянулся» за чужим добром, то есть был не прочь поживиться. Впрочем, у слова был и вполне безобидный бытовой смысл: так называли длинный рукав, мешок или даже часть сохи.

Модель образования типична для русских фамилий: прозвище на -ок (Хоботок) плюс притяжательный суффикс -ин. Суффикс -ин, а не -ов, указывает на то, что исходное прозвище оканчивалось на согласный или редуцированный звук (Хоботко → Хоботкин). Такие фамилии чаще встречались в северных и центральных регионах России, где -ин был продуктивнее, чем на юге.

В писцовых книгах XVI–XVII веков можно встретить людей с прозвищем Хобот — крестьян и посадских. Например, в новгородских землях упоминается крестьянин Хобот (без фамилии). Фамилия Хоботкин, скорее всего, оформилась позже, в XVII–XVIII веках, когда прозвища стали передаваться по наследству. Судя по суффиксу, это фамилия недворянского происхождения: в среде служилых людей и бояр чаще использовали -ов/-ев.

Редкость фамилии объясняется необычностью основы. В отличие от распространённых «животных» прозвищ (Волк, Заяц), «хобот» имел узкое диалектное хождение. Сейчас Хоботкины встречаются в основном в Центральной России и Поволжье, но нигде не образуют больших гнёзд. Однокоренные фамилии — Хоботов, Хоботнев, Хобот — встречаются ещё реже.