Фамилия Хоботнев образована от прозвища Хоботень, которое легло в основу фамилии по типичной славянской модели: к основе на -нь добавлялся притяжательный суффикс -ев, указывающий на принадлежность потомку человека с этим прозвищем. Вопрос о значении прозвища не имеет однозначного ответа, и здесь стоит рассмотреть несколько версий.

Самая прямолинейная трактовка отсылает к слову «хобот». В «Толковом словаре живого великорусского языка» В. Даля это слово многозначно: это и «рычаг, вставляемый в станок пушки», и «кривой, изогнутый мыс, коса», и «крюк, околица, окружный путь». Если прозвище происходит от военного термина, то родоначальник Хоботневых мог быть пушкарем — человеком, обслуживающим орудие, где хобот играл роль важной детали. В этом случае прозвище носило бы «профессиональный» характер, указывая на род деятельности.

Другая версия связывает прозвище с местом жительства. Значение «кривой мыс» или «околица» могло закрепиться за человеком, жившим на изгибе реки, на холмистой местности или на окраине села. Такие прозвища по географическому признаку были широко распространены: они помогали отличить одного человека от другого в условиях, когда официальных фамилий ещё не существовало.

Наконец, у слова «хоботень» есть и самостоятельное значение — «мешковатая, широкая одежа». В этом случае прозвище могло отражать особенность внешнего вида: так могли назвать человека, носившего просторную, не по фигуре сшитую одежду. Эта версия не менее правдоподобна, чем первые две, и показывает, что прозвища часто возникали из бытовых наблюдений.

Какая из версий верна для конкретной семьи Хоботневых, сказать сложно. Прозвища могли возникать независимо в разных местностях, и фамилия вполне могла сформироваться в разных регионах параллельно, от разных основ. Процесс закрепления фамилии был длительным, и окончательно говорить о времени и месте её происхождения можно лишь на основании серьёзных генеалогических исследований, включающих работу с архивными документами и писцовыми книгами. Сама фамилия Хоботнев — самобытный памятник славянской культуры, сохранивший в себе память о прозвище, которое когда-то дало начало целому роду.