Фамилия Хоботня — редкий, но выразительный пример того, как русская фамилия может быть образована не от слова в его прямом значении, а от прозвища, данного за внешность или манеру поведения. В основе лежит слово «хобот»: в древнерусском языке так называли не только слоновий хобот, но и длинный нос, торчащую губу или вообще любую выдающуюся часть лица. Человек с заметным носом, выпяченной губой или необычным ртом легко мог получить прозвище Хобот, а его дети и внуки — фамилию Хоботня.

Суффикс -ня в этой фамилии заслуживает отдельного внимания. В русской ономастике он встречается нечасто и обычно указывает на признак или свойство: Хоботня — это буквально «тот, кто с хоботом» или «хоботастый». По модели образования фамилия близка к таким единичным примерам, как Бородня, Губастня или Носня, но в отличие от них сохранилась до наших дней. Модель на -ня характерна скорее для украинской и белорусской традиции, где так образовывали прозвища с оттенком ироничности или пренебрежения. Поэтому не исключено, что фамилия Хоботня имеет западнорусские или малороссийские корни.

Поскольку фамилия недворянская и не попала в родословные книги, её носителями были в основном крестьяне, ремесленники или казаки. В XIX веке Хоботня встречается в ревизских сказках Черниговской и Полтавской губерний, а также в южных уездах России — там, где диалектное слово «хобот» в значении «нос» было особенно употребительно. В современной России фамилия остаётся редкой, её можно встретить в основном в Белгородской, Курской и Воронежской областях.

Споров о происхождении фамилии почти нет: все версии сходятся к прозвищу по внешнему признаку. Гипотеза о связи с профессией (например, «хоботня» как название части сохи или ткацкого станка) не подтверждается историческими источниками — такое слово не зафиксировано в словарях ремёсел. Так что, скорее всего, предок носителя фамилии Хоботня был просто человеком с приметным носом, и прозвище закрепилось за его родом.