Фамилия Хоботнякова — женская форма фамилии Хоботняков, и её происхождение стоит искать в мужском прозвище или имени, от которого она образована. Основа здесь — слово «хобот», которое в древнерусском языке имело несколько значений. Самое очевидное — хобот животного (слона, насекомого), но в народной речи так могли называть длинный нос, неуклюжего или неповоротливого человека, а также часть какого-либо орудия или снаряжения. Например, в некоторых диалектах «хоботом» называли ручку плуга или сохи, а также длинный шест.

Суффикс «-няк» в основе «Хоботняк» указывает на собирательное или характерное значение: Хоботняк — это либо человек с приметным хоботом (носом), либо тот, кто имел дело с предметом, называемым хоботом. Такая модель словообразования (основа + -няк) встречается в русских фамилиях, но реже, чем обычные -ов и -ин. Она характерна для прозвищ, которые закрепились за родом занятий или внешностью: например, Шелудяк (от «шелудивый») или Гниляк. Фамилия Хоботняков, таким образом, могла означать «сын Хоботняка», то есть потомка человека с таким прозвищем.

Интересно, что фамилия не получила широкого распространения. Встречается она преимущественно в центральных и южных регионах России. По данным переписей и архивных записей, носители фамилии Хоботняковы фиксировались в Тамбовской, Воронежской и Рязанской губерниях. Это наводит на мысль, что прозвище могло быть связано не с экзотическим животным, а с местным диалектным словом. В тамбовских говорах, например, «хобот» означало не только нос, но и «хвост» или «шлейф», а также «конец оглобли». Возможно, предок Хоботняковых был мастером, делавшим такие детали для телег или плугов, либо просто человеком с длинным носом — прозвище закрепилось за его детьми.

С точки зрения социального происхождения, фамилия не дворянская. Суффикс -няк и основа, отсылающая к ремеслу или внешности, типичны для крестьянской и посадской среды. Дворянские роды чаще образовывали фамилии от полных христианских имён или географических названий, а здесь — явное прозвище из бытовой лексики.

В написании фамилии возможна вариативность: в старых документах встречается «Хоботняков» и «Хаботняков» (с буквой «а» в первом слоге, что отражает акающее произношение). Современный вариант закрепился с буквой «о», что ближе к исходному слову «хобот».