Фамилия Хохля — редкий пример, где основа не связана с географией Украины, как может показаться на первый взгляд. В русских фамилиях корень «хохл-» чаще отсылает не к прозвищу украинца («хохол»), а к слову «хохлить» — ерошить, взъерошивать, делать неровным. Прозвище Хохля могли дать человеку с торчащими в разные стороны волосами, неопрятной шевелюрой или растрёпанным видом. В некоторых говорах «хохля» означало также нахохлившегося, угрюмого человека, который сидит ссутулившись, словно нахохленная птица.

По словообразовательной модели фамилия относится к типу на -я, характерному для прозвищ, которые позже закрепились как фамилии без дополнительных суффиксов (сравните: Грязнуля, Верзила, Растяпа). Такие формы обычно давали в быту взрослым людям за яркую внешнюю черту или поведение. В документах XVI–XVII веков встречаются крестьяне и посадские люди с прозвищем Хохля — например, в переписных книгах Новгородской земли. Суффикса -ов или -ин здесь нет, поэтому фамилия могла остаться в неизменном виде у потомков, особенно в северных и центральных регионах России.

Вторая, менее вероятная версия связывает фамилию с диалектным «хохля» — вид рыбы (ерш или бычок). В таком случае прозвище мог получить рыбак или человек с колючим, неуживчивым характером, как ёрш. Однако это толкование встречается реже и не имеет надёжного подтверждения в ономастических словарях.

Фамилия Хохля не получила широкого распространения и встречается в основном в Вологодской, Архангельской и Кировской областях, что косвенно подтверждает её связь с северорусскими говорами, где слово «хохлить» было в обиходе. Дворянских родов с такой фамилией не зафиксировано — она оставалась в крестьянской и мещанской среде. Сегодня носители фамилии могут встретиться и в других регионах, но численно она остаётся редкой.