Фамилия Хохрекова — редкий случай, когда корень слова не лежит на поверхности и не поддаётся однозначной трактовке. Основа «хохр-» не встречается в современном русском языке в виде самостоятельного слова, поэтому этимологу приходится работать с гипотезами и историческими диалектами.

Самый вероятный путь — связь с диалектным глаголом «хохрить» или существительным «хохра». В северных и сибирских говорах «хохрить» означало «ерошить, взлохмачивать, делать неряшливым». Отсюда «хохра» — человек с растрёпанными волосами, неряха или, в переносном смысле, взбалмошный, суетливый человек. Такое прозвище могли дать за внешний вид или за характер. Модель образования проста: к прозвищу Хохра добавили суффикс принадлежности -ев (в форме Хохрев), а потом уже от отчества пошла женская форма Хохрекова. Суффикс -ев, а не -ов, указывает на то, что основа оканчивалась на мягкий согласный или, реже, на шипящий, что для слова «хохра» несколько неожиданно, но объяснимо исторической мягкостью произношения в некоторых говорах.

Менее вероятная, но не исключённая версия — происхождение от тюркского имени или прозвища. В тюркских языках есть корень «хох» (сухой, высохший) или «хор» (зрячий, видящий), но сочетание «хр» нетипично для тюркской фонетики, и такая гипотеза требует серьёзных доказательств, которых пока нет.

Географически фамилия Хохрекова тяготеет к регионам Русского Севера и Урала — именно там фиксируются прозвища с корнем «хохр». В дореволюционных переписях и метрических книгах она встречается редко, что говорит о её локальном, а не общерусском распространении. Носительница фамилии могла быть потомком крестьянина или ремесленника из Вятской, Пермской или Архангельской губерний, получившего прозвище за свою взъерошенность или непоседливость.